【メドケム】KNIMEでリガンド効率を計算するよ 〜言い換えれば、ただの四則演算〜

　今回は四則演算の題材としてLE(Ligand Efficiency, リガンド効率)の計算をしてみます。もはや説明の必要もないかもしれませんが、ざっくりと言えば、

"水素以外の原子１つ１つが、どのくらい頑張って活性に貢献してるの？"

みたいな感じでしょうか。ずいぶん前に提唱された指標ですが、わかりやすいし私は嫌いじゃないです。

定義式としては

非水素原子数（HA）あたりの結合のギブス自由エネルギー

です。

KNIMEで構造検索をしよう

　今回は読み込んだsdfの構造式に対して、絞り込みを行う方法を紹介します。

　全体像としてはこんな感じ↑です。構造で絞り込む処理をするノードはいくつかありますが、今回はIndigo2のSubstructure Matcherを使います。これは私の単なる好みです。ほとんど同じような設定・使い方のRDKit Molecule Substructure Filterや、描画ツールが立ち上がりながら設定できるCDKのSubstructure Searchなどなど、自分の好みが見つかると良いと思います。

　さらに今回はおまけとしてMarvinSketchノード、Table Creatorノード、RowIDノードも盛り込んでいきます。Joinerは過去記事を参考にして下さい。

【KNIME】ノード紹介：Value Counter 〜重複データを探せ〜

　今回は指定したカラムの中に重複するデータがあるのか無いのか簡単に分かるノードValue Counterを紹介します。繋ぐだけの簡単ノードなので、おまけ活用例もあわせて紹介しますね。

 それでは、webに転がっていたデータを一部改変したものを使って進めていきます。

名前と連絡先が入ってますね。この中から連絡先に重複があるかどうか確認します。

【KNIME】ノード紹介：Regex Split 〜文字列を分割したい part 2〜

　以前に"区切り文字(列)を指定して、文字列を分割するノード"であるcell splitterについて紹介しました。

【KNIME】ノード紹介：cell splitter 〜文字列を分割したい〜

今回は、これの第二弾です！。前回のColumn Rename (Regex)を紹介記事を書きながら、セットで紹介しようと思ったのがRegex Splitノードです。

Regex Split

　正規表現を活用しながら、文字列を分割するノードです。

　いつかの例を紹介してみます。

【KNIME】ノード紹介：Column Rename 〜カラム名を変更したい〜

　今回はカラム名を変えたいときにどうするか？というお話です。後から気が変わったり、KNIMEの仕様で勝手にカラム名を決められたり、様々な理由で変更したくなるタイミングがあると思います。下の例を参考にして、操作の方法を紹介します。

*このテーブルができるまでの流れについては

【KNIME】ノード紹介：Transpose, Pivoting 〜表(table)の縦と横(行と列)を入れ替えたい〜

をご覧下さい。

 

Column Rename

もう、本当に名前のままのノードがあります。早速設定の内容をみちゃいましょうね。

　特に難しいところはないと思います。Column Renameの入口▶︎に、カラム名を変えたいデータを繋いで、設定画面を開きます(ダブルクリック or configure...) 。画面左側に、流れてきたデータのカラム名が表示されているので、変更したいものをダブルクリックして下さい。最初は空欄だった右側に設定画面が増えます(左のリストは太字になります)。新しく右側に出た画面のChangeにチェックをいれて、新しいカラム名を入力します。また同時に、カラムの属性もプルダウンで指定可能です。

　apply-OKして実行すると次のようになります。

　ばっちりですね。これだけだとおもしろくないので、"正規表現を使ってカラム名を変更する"方法についても紹介したいと思います。

KNIMEでChemdrawファイルを読みたい 〜 Chemical Structures File Reader〜

以前にsdfの読み方を紹介しました。 

　『構造式の入ったファイルありますか？』　

→『cdxなら有るんだけど…。』

　みたいなことを言われるパターンもあるんですよね。該当ファイルが1つ2つなら、手動で開いてsdfとして保存し直す。これでいいんですが、もっと沢山あるとやる気が失せます。複数ファイルを一括で読む方法は置いておいて、

　【なんとかchemdrawファイルは読めないのかね？】ということです。

はい、読めます。

　Erlwood nodeのChemical Structures File Readerを使うと読めるんです。難しい設定はありませんが、１つのcdxに複数の構造が含まれる場合、それぞれを単一の化合物として扱うには、４つくらいノードを繋げる必要があります。今回はこれを紹介します。

【KNIME】ノード紹介：Transpose, Pivoting 〜表(table)の縦と横(行と列)を入れ替えたい〜

　表の行と列を入れかえたいよーということ、ありませんか？ちなみにエクセルでは

1. 表をコピーする
2. "形式を選択して貼り付け"を選ぶ
3. "行列を入れ替える"にチェックをいれてOK

こんな感じでできます(私は他のやり方は知らん)。

ではKNIMEではどうやるのでしょう？

はい、ノード１個で終わりますよ！

Transpose

特に設定も不要です。Transposeノードをつなげれば縦横が入れ替わりますよ！

　地味です。そしてあんまり面白くないですね。ポジティブに言えば"とても簡単"ですね。そんなに頻繁ではないですが、たまに使います。

　これだけだとあまり面白くないので、pivotテーブルの作り方を紹介します。これも縦横入れ替えの１種ですよね！"エクセルの使い方"みたいなサイトをみていると、「ピボットは神」みたいな扱い受けてる感がある？ような気もするので、お役に立てるのではないかと思います。