非プログラマーのためのインフォマティクス入門。(仮)

非プログラマーがインフォマティクスについて勉強したことを記録します。主にKNIMEというソフトを使用しています。

非プログラマーのためのインフォマティクス入門。(仮)

【KNIME】お手軽に機械学習してみませんか? 〜random_forest_regression〜

久しぶりに記事を書きます。二児の親となり、家のことを忙しくしつつ、最近は機械学習をかじり始めました。始めたといっても、いろいろを触って、動かしてみている程度。きっちり取り組んでいる方には怒れらてしまいそうですが、様々なツールも出回り、コモディティ化が進んでいるなかで、まったくいじったことがないというのも良くないと思いまして。

今回は、"学習用データがある場合"に可能&お手軽簡単に数値予測ができるKNIMEのノード を紹介しようと思います。

 

Random Forest Learner & Predictor (regression)

 最近の流行は、やっぱりdeeplearningだと思うのですが、それだけが全てではないです。現在、私もDeepChemを使ってDLに挑戦していますが、wetのケミストが気楽にアクセスできる感じではありません(プログラミング経験のある方なら、何とかなるかもしれませんが)。

そんな中、今回の方法

KNIMEを使って、ECFP4を入力としてRandom Forestで回帰する

は殆ど頭を使うことがないので誰でも使える!と断言できます(但し、得られる結果については個人で判断してくださいね)。では早速KNIMEのフローを見ていきます。

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あけましておめでとうございます&本のおすすめ

みなさま、あけましておめでとうございます。

それぞれ素敵な新年を迎えらえていることと思います。我が家も新メンバーを迎えて1ヶ月。バタバタしながらも無事に2018年をスタートさせることができました!

…2018年1月1日、0:00は息子のオムツ交換をしていましたが。

 

さて、ブログを書き始めて約半年が経ちました。

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およそ約16,000回、私の書いた記事を読んでいただけたようです。自分の書いたものを読むために、こんなに沢山の方の時間を割いていただけている。とても嬉しいことです。

どんな人に読んでもらえているのかな?少しは役に立ってるのかな?など思いを巡らせています。コメントをくださった方もいらっしゃいました。ブログを通じて、新しいネットワークができること期待している部分もあります。

  • 何をすればいいか分かりませんが、KNIMEのユーザー会ができたらいいなとか
  • pythonやrdkitなどの先生的な人と繋がれたらなとか
  • 子育てとか、その他もろもろ。

気が向けば、なんでもいいので是非コメントいただけると嬉しいです!

更新ペースに随分とむらはありますが、今後とも宜しくお願いします。

 

今回は本の紹介をしようと思います。

 

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家族が増えました

お久しぶりです。

いろいろと忙しくしていて、更新ができませんでした。

 

はい、先日子供が生まれました!

 

わりと初期からバタバタしていていて、

切迫流産→切迫早産という流れで、出血もずっと止まらないし、なかなか不安な日々を過ごしていましたが、無事にゴールすることができました。

…最終的には逆子だったので、帝王切開になるというフルコースでしたが。

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上の子は2歳になります。少し重たくなってきたなーとは思ってましたが、新生児と並べると、結構でかくなったと実感しました。

 

今年の妻は災難続きで、

  1. 年初に虫垂炎で入院
  2. つわりで苦しみ始めたあたりで、切迫流産のため入院
  3. 帝王切開のため入院

一年で3回も入院してしまいました。 

出産に関しても里帰りとかではないので、上の子と私と二人で過ごさなければいけない日々が結構あったわけですが、子供は大泣きもせず、むしろ私が助けられたくらいです。サイズだけではなく、中身もしっかり成長しているようで驚きました。 

下の子も、最終的には3450gとしっかりとしたサイズで生まれてくれました。それに加えて驚きなのは、だいたい生後3週間が経過した今日の体重が4400gもあり急激な成長をしています! 

私も、子供のご飯をつくったり、保育園の色々や、その他諸々…、少しは上達した気がしますが、これからは二児の父。もっと上手くできるように頑張ります。

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10年の歳月

段々と寒くなってきました。体調はいかがでしょうか?

私は、熱を出してしまいました。まだ調子はイマイチですが、今日はお買い物をしてしまいました。

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そうです。

iPhone Xを買っちゃいました!

店舗受け取りにしていたのですが、私の住んでいるところはクソ田舎なんで、発売日当日に朝から買いに来ていたのは私だけでした。

新しいデバイスは楽しいですね。

となりにおまけがくっついていますが、これは私が初めて買ったスマートフォンiPhone 3G】です。日本で初めてのiPhoneだったのではないでしょうか?だいたい10年前の製品です。

大きさや厚さ、色々違いますが基本的な部分はほとんど一緒です。性能面では当時の私からは想像もできないくらいの進化を遂げています。

 

この10年で、私はこんなに進化していません。

次の10年、時代に置き去りにされないよう頑張らないとですね!

(もう既に置いていかれてるのかもしれませんが…)

 

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ディスプレイのサイズも違いますね。10年前の端末で自分のブログを見るというのも感慨深い!

 

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"あ"さんにコメントを頂きました 〜オートフィル(excel)の実現〜

みなさん、こんばんは。

私は普段お酒をあまり飲みませんが、今日はなんとなくむしゃくしゃしたのでビールを飲みました。ほろ酔いで書いていきます(わたしはよなよなエールが好きです)。

 

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さて、タイトルの通り、"あ"さんよりコメントを頂きました!

とても嬉しいです!

コメント内で、次のような質問をいただきました。

エクセルチックに絶対参照しながらフィルハンドルを引っ張るような操作はknimeで実現できないでしょうか。

 コメント欄ではうまくお返事できないかなと思い、記事にしてみることにしました。的外れな内容だったら、"あ"さん、ごめんなさい! 

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【KNIME】ノード紹介:Copy/Move Files 〜一括でファイル名を変換しよう〜

みなさん、こんにちは。10月になりましたね!

 

 今回の内容なんですが、一般的に使えそうな・TIPS的な感じのやつを考えた結果、ファイル名の一括変換に関して書いてみようと思います。

 

 Webで調べると、ファイル名の最後に連番をつけるような方法がよく紹介されています。Google先生の一番上に出てきたのは

121ware.com > サービス&サポート > Q&A > Q&A番号 018542

上記リンクの内容でした。

 

 KNIMEを使って同じこともできますが、それでは面白くないので、この記事では

ファイルの最終更新日と容量をファイル名に追加

をしてみようと思います。

<処理前>

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<処理後>

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(キャプチャの時間がずれているのは、ファイルを名前を変えて複製したからです)

 

さて、KNIMEのフローを見ていきましょう!

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InfocomさんがKNIME関連のページを更新したよ!

もうすぐ9月もおしまいですね。

上半期の終わりということで、何かと慌ただしい時期かと思いますが頑張っていきましょう!

 

さて、今回はKNIMEの使い方に関する内容ではありません。期待していた方、申し訳有りません(1人でもいて欲しい…)。

で、何を書きたいかというと

 

まず1つ目

コメントをいただきましたーーーー!

とてもとても嬉しいです。

 

chemoinfoのノードも充実しているのでKnimeいいですね!(iwatobipenさん)

 そうなんです。私のようにコーディングもできず、ナスの底をガリガリするくらいしか能のない人間でも、KNIMEのおかげで、そこそこの量のデータ(化合物情報を含む)を扱うことができます。 

 

最近knimeを使い始めました。記事楽しみにしています。(あさん)

 泣ける。社交辞令でも楽しみにしてもらえるなんて!触りはじめるきっかけになっているのなら、もっと泣ける。ブログを書くのも今回が初めてですし、うまく内容をまとめられているか不安はありますが、今後も頑張りますね!

 

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