非プログラマーのためのインフォマティクス入門。(仮)

非プログラマーがインフォマティクスについて勉強したことを記録します。主にKNIMEというソフトを使用しています。

非プログラマーのためのインフォマティクス入門。(仮)

【KNIME】KNIMEのインストール 2018 ver.

皆さんお元気ですか?このブログを書き始めて1年ちょっとが経ちます。主にKNIMEというツールの基本的な使い方を記事にしています。 私がKNIMEに触れ始めた頃は、google先生に聞いても国内ではあんまりユーザーがいるような気がしないし、種々の情報もgetでき…

【KNIME】バッシュをはいて、ちょっと高く跳んでみようぜ!

みなさま、お久しぶりです。前回の更新から3ヶ月。新しい仕事を覚えたりするのに頭を使ったり、イヤイヤ期真っ最中の娘(2)・諸々活発になってきた息子(0)に手一杯で、なかなかブログ更新ができないですね。 まあ、お金儲けで書いてるわけじゃないですし、の…

【KNIME】メモリが足りない…。ちょっと待って!がっかりするその前に!

みなさん、お元気ですか。 私は、ちょっと用事があって、昨日は久しぶりに都内に出かけました。田舎暮らしが長くなってきたせいなのか、単純に頭が老化しているのかはわかりませんが、 「都心の景観は、情報量が多い!」と感じました。 学生の頃は、都内で暮…

【KNIME】ノード紹介:Try, Catch Errors 〜折角流した処理がエラーで止まるのを回避する〜

みなさん、いかがお過ごしですか? はてなブログには、どのくらいのページビューがあったのかを見ることができる機能があります。なんだか最近、ちょっとずつアクセスが増えているようです。 嬉しいので、もっと色々と更新したいのですが、今年度から担当に…

第7回ケモインフォマティクス若手の会に行ってきました!

みなさん、こんにちは。 今回はKNIMEや、その他ツールの話はないです。ただの雑記。 先週のことですが、第7回ケモインフォマティクス若手の会に参加してきました! 私は若手とはお世辞にも言えない年齢ですが、"超ど素人" = "若手"と勝手に解釈して参加する…

【随時更新?】当ブログタイトル一覧 〜ブログの情報取得もKNIMEでやるよ〜

みなさまこんにちは。 先日、にほんごであそぼ(NHK)で草枕をとりあげていました。 智ちに働けば角かどが立つ。 情じょうに棹さおさせば流される。 意地を通とおせば窮屈きゅうくつだ。 とかくに人の世は住みにくい。 (青空文庫より) 有名な冒頭部分ですね。…

【KNIME 】Excel?のMROUND関数と同じことをKNIMEでやってみよう!

新年度がスタートしましたね! 私はこの春から、新しいことに挑戦することになりました。これまでは薬品を混ぜたり、フラスコや試験管を触ったりする仕事をしていたのですが(いらすとやイメージだとこんな感じ↓) 4月からは、computerを使って化学する世界で…

【初心者レビュー】PyCharm使ったら、勉強が捗る!ちょいハードル下がる!

こんにちは。花粉が飛んでいますね。 さて、KNIMEの使い方を主な題材としている本ブログですが、前回 こんな記事を書いてみました。 記事内でも触れましたが、私プログラミングとか全然やったことないです。なので、pythonコード書く部分は結構時間かかりま…

【KNIME 】scikit-learnをKNIMEで動かすよ 〜t-SNEを題材に〜

みなさん、年度末が近づいてきました。色々と忙しい日々ですが体調には気をつけないといけません(私は、先日発熱しました…)。 さてさて、今回はKNIME上でpython書いて、scikit-learnを動かしてみます。 で紹介した可視化を、t-SNEを使ってやってみます。 …

【KNIME】お手軽に機械学習してみませんか? 〜random_forest_regression〜

久しぶりに記事を書きます。二児の親となり、家のことを忙しくしつつ、最近は機械学習をかじり始めました。始めたといっても、いろいろを触って、動かしてみている程度。きっちり取り組んでいる方には怒れらてしまいそうですが、様々なツールも出回り、コモ…

あけましておめでとうございます&本のおすすめ

みなさま、あけましておめでとうございます。 それぞれ素敵な新年を迎えらえていることと思います。我が家も新メンバーを迎えて1ヶ月。バタバタしながらも無事に2018年をスタートさせることができました! …2018年1月1日、0:00は息子のオムツ交換をしていま…

家族が増えました

お久しぶりです。 いろいろと忙しくしていて、更新ができませんでした。 はい、先日子供が生まれました! わりと初期からバタバタしていていて、 切迫流産→切迫早産という流れで、出血もずっと止まらないし、なかなか不安な日々を過ごしていましたが、無事に…

10年の歳月

段々と寒くなってきました。体調はいかがでしょうか? 私は、熱を出してしまいました。まだ調子はイマイチですが、今日はお買い物をしてしまいました。 そうです。 iPhone Xを買っちゃいました! 店舗受け取りにしていたのですが、私の住んでいるところはク…

"あ"さんにコメントを頂きました 〜オートフィル(excel)の実現〜

みなさん、こんばんは。 私は普段お酒をあまり飲みませんが、今日はなんとなくむしゃくしゃしたのでビールを飲みました。ほろ酔いで書いていきます(わたしはよなよなエールが好きです)。 さて、タイトルの通り、"あ"さんよりコメントを頂きました! とても嬉…

【KNIME】ノード紹介:Copy/Move Files 〜一括でファイル名を変換しよう〜

みなさん、こんにちは。10月になりましたね! 今回の内容なんですが、一般的に使えそうな・TIPS的な感じのやつを考えた結果、ファイル名の一括変換に関して書いてみようと思います。 Webで調べると、ファイル名の最後に連番をつけるような方法がよく紹介さ…

InfocomさんがKNIME関連のページを更新したよ!

もうすぐ9月もおしまいですね。 上半期の終わりということで、何かと慌ただしい時期かと思いますが頑張っていきましょう! さて、今回はKNIMEの使い方に関する内容ではありません。期待していた方、申し訳有りません(1人でもいて欲しい…)。 で、何を書きた…

KNIMEで化合物をクラスタリング&可視化してみよう

みなさん、こんにちは。 私は急な気温の変化と、ブタクサ?花粉で体調がイマイチです。 心はあまり元気でないので、せめて体は元気で過ごしたいものです。 さて、今回は何について書こうかなーと考えていたのですが、前回、ChEMBLからとってきた情報を使って…

KNIMEを使ってChEMBLから情報をとってくるンゴ

なんだか、最近巷ではなんJ民が溢れているそうですね! headlines.yahoo.co.jp おさぼりおじさんが、日中よく読んでいる*1というyahooニュースで取り上げられているくらいなので、間違い無いですね。驚きですね。 さて、毒吐きから始めてしまいましたが、今…

KNIMEで明日の天気を調べよう! 〜REST APIの活用〜

今回はKNIMEを使って、明日の天気予報を調べてみようと思います。 …このこと自体に大して意味はありません。 ポイントは KNIMEはweb上の情報も取得することができる という点です。 色んな方法があるのですが、今回はわりと分かりやすい「REST API」を活用し…

Neural Network Consoleで活性値予測をしてみた

SONYからNeural Network Consoleというのが公開されましたね(以下NNC)。 dl.sony.com これの良し悪しを議論できるほどの知識は私にはないです。でもGUIツールということで、とりあえず使ってよう!という試みです。セットアップの方法などは公式に書かれてい…

【KNIME】ノード紹介:Parallel Chunk Start 〜多重影分身するってばよ〜

今回の記事は短めですが、活用できる場面にかなり高い確率で遭遇できると思います。 どんな場面かというと… この処理、重いんですけど! という時です。 そんな時は、Parallel Chunkを使いましょう! Parallel Chunk Start (End) 重たい処理の前後をParallel…

【KNIME】ノード紹介:Group Loop Start 〜カテゴリごとに処理したい〜

先日、KNIMEでloopを回すにはどうするか?という記事を書きました。割と興味を持っていただけたのか、たくさんブックマークもして頂きました。ありがとうございます。 こんなニッチな内容でも読んでくださる方がいるというのは嬉しいですし、今後も頑張って…

【KNIME】小ネタ:** to variableノードを使わない変数の作り方

ここ何回かの記事で、変数を使った内容を書きました。 【超入門】KNIMEで変数を使うには 〜今日の日付をエクセルのシート名にして書き出してみよう〜 - 非プログラマーのためのインフォマティクス入門。(仮) 【KNIME】小ネタ:変数受け渡しに使う"赤線"の…

【超入門】Loopを回せ! 〜KNIMEを使って複数のファイルを一気に読んでみよう〜

勝手に偉そうな命名をした"超入門シリーズ"ですが、これまでに ファイルの読み方 (エクセルファイルを例にして) 変数の使い方 について紹介してきました。 さていよいよ今回はループの回し方について紹介したいと思います。 この3つが揃えば、データサイエ…

【KNIME】小ネタ:変数受け渡しに使う"赤線"の活用法

前回の記事の最後に、こんなキャプチャを載せました。 ●ー●の繋がりは、基本的には変数の受け渡しを行うためのものです。上記の例だと、Table Row to Variableで日付データを変数として、Excel Writerに渡す部分だけあれば目的は達成できるはずなんですよね…

【超入門】KNIMEで変数を使うには 〜今日の日付をエクセルのシート名にして書き出してみよう〜

今回*1は変数*2の使い方について、基本的な部分を書いてみようと思います。あまり馴染みのない方もいらっしゃるかもしれませんが、 変数なし:すべて徒歩でプレイ 変数あり:キメラのつばさ使える くらいに幅が広がると思います。 (さらにループ処理ができれ…

【KNIME】ノード紹介:Nominal Value Row Filter 〜欲しいカテゴリのrowを抽出したい〜

お盆休みですね。まったりと更新してきます。 さて、行(row)の抽出のために使うrow filterやrow splitterには結構色々な種類があります。これまでの記事では Row filter, Row splitter Reference row splitter (紹介してないけど、これのfilter版もあるよ) …

【KNIME】ノード紹介:Missing Value 〜欠損値を処理しよう〜

今回は欠損値の処理に使えるノードを紹介します。ざっくりといえばテーブルの空っぽの部分をどうするかということです。 KNIME(3.3以上)のテーブル表示では、欠損値は?で表示されます(3.2以前は?です。黒色のはてななので、欠損値なのか本物の?なのかちょっ…

【KNIME】ノード紹介:concatenate 〜複数のテーブルをとにかく纏める〜

今回は時間がうまく作れなかったので、短めの記事です。でも活用頻度は大のノードを紹介します。 Concatenate 名前の通り、連結するノードです。極力余計なことはしないで、複数のデータを"縦方向に"連結します。キャプチャを見た方が早いと思うので、貼りま…

【メドケム】KNIMEでリガンド効率を計算するよ 〜言い換えれば、ただの四則演算〜

今回は四則演算の題材としてLE(Ligand Efficiency, リガンド効率)の計算をしてみます。もはや説明の必要もないかもしれませんが、ざっくりと言えば、 "水素以外の原子1つ1つが、どのくらい頑張って活性に貢献してるの?" みたいな感じでしょうか。ずいぶん…