非プログラマーのためのインフォマティクス入門。（仮）

非プログラマーがインフォマティクスについて勉強したことを記録します。主にKNIMEというソフトを使用しています。

非プログラマーのためのインフォマティクス入門。（仮）

【PyMOL】どこが違うのかな？

今日は有給なので、久しぶりに生存報告です。

生きてます！

さて、我が家の子供たち(自分も含む)はサイゼリヤが大好き。間違い探しも大好き。

サイゼリヤのまちがいさがし

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ということで、今回は「タンパク質のアミノ酸、違うのどーこだ？」をやってみましょう。

きっかけ

　

　巷で話題の"おじさん"さんのブログです。同一低分子化合物とJAK1, JAK2との複合体X線結晶構造(PDB_ID: 6BBU, 6BBV)を重ね合わせて「違うのどこだ？」をする方法を紹介されています（詳しく書かれているので是非ご覧ください。その他にもPyMOLの使い方について書かれた記事もあり、とても参考になります！）。

その中にこんなコメントがありました↓

このsequenceを見ながら一致してない残基を見つけてやればいいわけです。
(私のcoding能力では自動抽出がまだできませんごめんなさい)

結構需要のある作業だと思われます。便利ツールがPyMOL Wikiに転がっているので紹介しますね。場合により上手く動かないこともある？みたいですが、私の場合はWindows, Mac, centos, ubuntuで動作しています。それではスタートです！

Color By Mutations (from PyMOL Wiki)

今回紹介するスクリプトです。

上記のリンクを踏むと、こんなページに辿り着きます。

画面の上の方だけ

ものによっては、右上にpython scriptのダウンロードリンクが貼ってあるのですが、Color By Mutationsにはないので、グレー背景部分のコードをコピーして自分のマシンに保存しちゃいましょう！

　これで下準備は完了なので、少しPyMOLをいじってみましょう。今回はMacでやってみます。使ってるPyMOLはbrewでインストールしたもので、ちょっと古いやつです。

 

color_by_mutation を使えるようにする

私の場合、先ほど保存したpython scriptは"color_by_mutations.py"という名前で、

"/Users/sumtat/03_blog/003_example"という場所に保存してあります。この時点では

"coと入力後、Tabキー"を押しても、color_by_mutationが候補の中にないことが上記のキャプチャで確認できます。"color_by_mutations.py"の中にあるcolor_by_mutation関数を使えるようにするために、次のコマンドを実行します。

"run color_by_mutations.py"

すると"coと入力後、Tabキー"を押せば、color_by_mutation関数が候補として表示されますね！(この方法だと、PyMOLを起動後、毎回同じ作業が必要)

別法としてはメニューバーにてPlugin > Plugin Maneger > Install New Plugin > Choose file... と進んで、該当のpython scriptを選べばOKです(これだと、毎回起動時に勝手によみこんでくれます)。

うまくいかない場合は、手動で該当のpython scriptをstartupフォルダに入れてあげればOKです。場所はInstalled PluginsのInfo(何かしら入っていると思うので)をみて、あたりをつけて下さい。↓はapbs_toolsという既存プラグインの場所をGUIで表示させている例です。

さて、color_by_mutation関数を使ってみましょう！

まずは"おじさん"さんのブログに倣って、6BBU, 6BBVを読み込んでおきます。続いて今回の主役"color_by_mutation"関数を動かします。

"color_by_mutation 6bbu, 6bbv"を実行すると、こうなる↓

アミノ酸残基の異なるところに色がついて、stick表示になります。6bbuの方は青で、6bbvの方は、対応するアミノ酸の類似度(BLOSUM90パラメータにて算出)により青(似ている)〜赤(似ていない)のグラデーション表示されます。この状態だと、配列アライメントの情報を保持していないので、表示用にもう再度alignして、低分子リガンドも表示などなどしておきまひょか。だいたいこんな感じかな？

  1. align 6bbu, 6bbv,  cycles=0, object=aln

  2. select ar7,  byres resn d7d around 7

  3. hide lines
  4. hide sticks

  5. show sticks,  resn d7d

  6. show sticks,  ar7 and mutations

今日は有給で、家では論文アクセスできないんで詳細はわからんですが、p-loopの動きがかわってくるんですかねー。

 

ということで、PyMOLは結構便利ですよー。

それではまた次回！