【KNIME】ノード紹介：Nominal Value Row Filter 〜欲しいカテゴリのrowを抽出したい〜

お盆休みですね。まったりと更新してきます。

　さて、行(row)の抽出のために使うrow filterやrow splitterには結構色々な種類があります。これまでの記事では

• Row filter, Row splitter

• Reference row splitter (紹介してないけど、これのfilter版もあるよ)

なんかを紹介しました。個人的には上記のsplitter２つをよく使います。

今回はより一段とお手軽な設定で、欲しいカテゴリのデータを抽出するときに活用できそうなノードを紹介します。

例題としては、

上記のようなテーブルから、"犬と猿"のデータを取ってこようと思います。

【KNIME】ノード紹介：Missing Value 〜欠損値を処理しよう〜

　今回は欠損値の処理に使えるノードを紹介します。ざっくりといえばテーブルの空っぽの部分をどうするかということです。

　KNIME(3.3以上)のテーブル表示では、欠損値は?で表示されます(3.2以前は?です。黒色のはてななので、欠損値なのか本物の?なのかちょっとわかりにくので注意)。こういう空っぽのデータがあると、統計解析などの際に不具合です。欠損値を持つデータを除く対応もあると思いますし、何かしらの固定値等で埋めてしまうなどの対応もあると思います。

　主に、そんなときに使えるのがMissing Valueノードです。例として次のようなデータを読んで欠損値処理をしてみます。

　おぅ。セルの結合が含まれてますね…。解析するときに、これ邪魔です。Missing Valueノードを使って、これもうまく処理しちゃいましょう！

【KNIME】ノード紹介：concatenate 〜複数のテーブルをとにかく纏める〜

今回は時間がうまく作れなかったので、短めの記事です。でも活用頻度は大のノードを紹介します。

Concatenate

　名前の通り、連結するノードです。極力余計なことはしないで、複数のデータを"縦方向に"連結します。キャプチャを見た方が早いと思うので、貼ります↓。

　入力側の２つのテーブルには"name", "maker", "price"の共通するカラムがあります(属性も一致)。カラム名が同じものは、同じところに並べてくれます。一方で"status", "amount"はそれぞれ片方にしかありません。このようなカラムもとにかく連結してくれます。データのない部分は欠損値になります。

　設定画面で、両者に共通のカラムだけ残すという指定もできますが、何も考えず繋げてGoでいいかな？と思いますよ！

【メドケム】KNIMEでリガンド効率を計算するよ 〜言い換えれば、ただの四則演算〜

　今回は四則演算の題材としてLE(Ligand Efficiency, リガンド効率)の計算をしてみます。もはや説明の必要もないかもしれませんが、ざっくりと言えば、

"水素以外の原子１つ１つが、どのくらい頑張って活性に貢献してるの？"

みたいな感じでしょうか。ずいぶん前に提唱された指標ですが、わかりやすいし私は嫌いじゃないです。

定義式としては

非水素原子数（HA）あたりの結合のギブス自由エネルギー

です。

KNIMEで構造検索をしよう

　今回は読み込んだsdfの構造式に対して、絞り込みを行う方法を紹介します。

　全体像としてはこんな感じ↑です。構造で絞り込む処理をするノードはいくつかありますが、今回はIndigo2のSubstructure Matcherを使います。これは私の単なる好みです。ほとんど同じような設定・使い方のRDKit Molecule Substructure Filterや、描画ツールが立ち上がりながら設定できるCDKのSubstructure Searchなどなど、自分の好みが見つかると良いと思います。

　さらに今回はおまけとしてMarvinSketchノード、Table Creatorノード、RowIDノードも盛り込んでいきます。Joinerは過去記事を参考にして下さい。

【KNIME】ノード紹介：Value Counter 〜重複データを探せ〜

　今回は指定したカラムの中に重複するデータがあるのか無いのか簡単に分かるノードValue Counterを紹介します。繋ぐだけの簡単ノードなので、おまけ活用例もあわせて紹介しますね。

 それでは、webに転がっていたデータを一部改変したものを使って進めていきます。

名前と連絡先が入ってますね。この中から連絡先に重複があるかどうか確認します。

【KNIME】ノード紹介：Regex Split 〜文字列を分割したい part 2〜

　以前に"区切り文字(列)を指定して、文字列を分割するノード"であるcell splitterについて紹介しました。

【KNIME】ノード紹介：cell splitter 〜文字列を分割したい〜

今回は、これの第二弾です！。前回のColumn Rename (Regex)を紹介記事を書きながら、セットで紹介しようと思ったのがRegex Splitノードです。

Regex Split

　正規表現を活用しながら、文字列を分割するノードです。

　いつかの例を紹介してみます。