お久しぶりです。 いろいろと忙しくしていて、更新ができませんでした。 はい、先日子供が生まれました！ わりと初期からバタバタしていていて、 切迫流産→切迫早産という流れで、出血もずっと止まらないし、なかなか不安な日々を過ごしていましたが、無事に…

段々と寒くなってきました。体調はいかがでしょうか？ 私は、熱を出してしまいました。まだ調子はイマイチですが、今日はお買い物をしてしまいました。 そうです。 iPhone Xを買っちゃいました！ 店舗受け取りにしていたのですが、私の住んでいるところはク…

みなさん、こんばんは。 私は普段お酒をあまり飲みませんが、今日はなんとなくむしゃくしゃしたのでビールを飲みました。ほろ酔いで書いていきます(わたしはよなよなエールが好きです)。 さて、タイトルの通り、"あ"さんよりコメントを頂きました！ とても嬉…

みなさん、こんにちは。１０月になりましたね！ 今回の内容なんですが、一般的に使えそうな・TIPS的な感じのやつを考えた結果、ファイル名の一括変換に関して書いてみようと思います。 Webで調べると、ファイル名の最後に連番をつけるような方法がよく紹介さ…

もうすぐ９月もおしまいですね。 上半期の終わりということで、何かと慌ただしい時期かと思いますが頑張っていきましょう！ さて、今回はKNIMEの使い方に関する内容ではありません。期待していた方、申し訳有りません(1人でもいて欲しい…)。 で、何を書きた…

みなさん、こんにちは。 私は急な気温の変化と、ブタクサ？花粉で体調がイマイチです。 心はあまり元気でないので、せめて体は元気で過ごしたいものです。 さて、今回は何について書こうかなーと考えていたのですが、前回、ChEMBLからとってきた情報を使って…

なんだか、最近巷ではなんJ民が溢れているそうですね！ headlines.yahoo.co.jp おさぼりおじさんが、日中よく読んでいる*1というyahooニュースで取り上げられているくらいなので、間違い無いですね。驚きですね。 さて、毒吐きから始めてしまいましたが、今…

今回はKNIMEを使って、明日の天気予報を調べてみようと思います。 …このこと自体に大して意味はありません。 ポイントは KNIMEはweb上の情報も取得することができる という点です。 色んな方法があるのですが、今回はわりと分かりやすい「REST API」を活用し…

SONYからNeural Network Consoleというのが公開されましたね(以下NNC)。 dl.sony.com これの良し悪しを議論できるほどの知識は私にはないです。でもGUIツールということで、とりあえず使ってよう！という試みです。セットアップの方法などは公式に書かれてい…

今回の記事は短めですが、活用できる場面にかなり高い確率で遭遇できると思います。 どんな場面かというと… この処理、重いんですけど！ という時です。 そんな時は、Parallel Chunkを使いましょう！ Parallel Chunk Start (End) 重たい処理の前後をParallel…

先日、KNIMEでloopを回すにはどうするか？という記事を書きました。割と興味を持っていただけたのか、たくさんブックマークもして頂きました。ありがとうございます。 こんなニッチな内容でも読んでくださる方がいるというのは嬉しいですし、今後も頑張って…

ここ何回かの記事で、変数を使った内容を書きました。 【超入門】KNIMEで変数を使うには 〜今日の日付をエクセルのシート名にして書き出してみよう〜 - 非プログラマーのためのインフォマティクス入門。（仮） 【KNIME】小ネタ：変数受け渡しに使う"赤線"の…

勝手に偉そうな命名をした"超入門シリーズ"ですが、これまでに ファイルの読み方 (エクセルファイルを例にして) 変数の使い方 について紹介してきました。 さていよいよ今回はループの回し方について紹介したいと思います。 この３つが揃えば、データサイエ…

前回の記事の最後に、こんなキャプチャを載せました。 ●ー●の繋がりは、基本的には変数の受け渡しを行うためのものです。上記の例だと、Table Row to Variableで日付データを変数として、Excel Writerに渡す部分だけあれば目的は達成できるはずなんですよね…

今回*1は変数*2の使い方について、基本的な部分を書いてみようと思います。あまり馴染みのない方もいらっしゃるかもしれませんが、 変数なし：すべて徒歩でプレイ 変数あり：キメラのつばさ使える くらいに幅が広がると思います。 (さらにループ処理ができれ…

お盆休みですね。まったりと更新してきます。 さて、行(row)の抽出のために使うrow filterやrow splitterには結構色々な種類があります。これまでの記事では Row filter, Row splitter Reference row splitter (紹介してないけど、これのfilter版もあるよ) …

今回は欠損値の処理に使えるノードを紹介します。ざっくりといえばテーブルの空っぽの部分をどうするかということです。 KNIME(3.3以上)のテーブル表示では、欠損値は?で表示されます(3.2以前は?です。黒色のはてななので、欠損値なのか本物の?なのかちょっ…

今回は時間がうまく作れなかったので、短めの記事です。でも活用頻度は大のノードを紹介します。 Concatenate 名前の通り、連結するノードです。極力余計なことはしないで、複数のデータを"縦方向に"連結します。キャプチャを見た方が早いと思うので、貼りま…

今回は四則演算の題材としてLE(Ligand Efficiency, リガンド効率)の計算をしてみます。もはや説明の必要もないかもしれませんが、ざっくりと言えば、 "水素以外の原子１つ１つが、どのくらい頑張って活性に貢献してるの？" みたいな感じでしょうか。ずいぶん…

今回は読み込んだsdfの構造式に対して、絞り込みを行う方法を紹介します。 全体像としてはこんな感じ↑です。構造で絞り込む処理をするノードはいくつかありますが、今回はIndigo2のSubstructure Matcherを使います。これは私の単なる好みです。ほとんど同じ…

今回は指定したカラムの中に重複するデータがあるのか無いのか簡単に分かるノードValue Counterを紹介します。繋ぐだけの簡単ノードなので、おまけ活用例もあわせて紹介しますね。 それでは、webに転がっていたデータを一部改変したものを使って進めていきま…

以前に"区切り文字(列)を指定して、文字列を分割するノード"であるcell splitterについて紹介しました。 【KNIME】ノード紹介：cell splitter 〜文字列を分割したい〜 今回は、これの第二弾です！。前回のColumn Rename (Regex)を紹介記事を書きながら、セッ…

今回はカラム名を変えたいときにどうするか？というお話です。後から気が変わったり、KNIMEの仕様で勝手にカラム名を決められたり、様々な理由で変更したくなるタイミングがあると思います。下の例を参考にして、操作の方法を紹介します。 *このテーブルがで…

以前にsdfの読み方を紹介しました。 『構造式の入ったファイルありますか？』 →『cdxなら有るんだけど…。』 みたいなことを言われるパターンもあるんですよね。該当ファイルが1つ2つなら、手動で開いてsdfとして保存し直す。これでいいんですが、もっと沢山…

表の行と列を入れかえたいよーということ、ありませんか？ちなみにエクセルでは 表をコピーする "形式を選択して貼り付け"を選ぶ "行列を入れ替える"にチェックをいれてOK こんな感じでできます(私は他のやり方は知らん)。 ではKNIMEではどうやるのでしょう…

エクセルは便利ですし、市民権も獲得していて、データのちょっとした共有などによく使われます(少なくとも私の周りの環境では)。 でも、エクセルで構造式入りのファイルをつくるとなると「純手作業」では結構めんどくさいですよ(ハイパーコピペモード突入)。…

今回は下のようなデータに対し、年齢データのおしりに「歳」をつけたり、会員番号のハイフンを＠に変えたりしてみます。 String Manipulation 文字列に対して、何か処理を施したい。そんなときは俺に任せろ的なノードです。かなり色んなことができます。めち…

前回までにcell splitterを使って、セルの中身を縦・横にぶった切る方法を紹介しました。 【KNIME】ノード紹介：cell splitter 〜文字列を分割したい〜 【KNIME】ノード紹介：cell splitterとUngroupのコラボ 〜文字列を縦方向に分割したい〜 予告通り、今回…

突然ですが、sdfというファイル形式があります。ごく一部のニッチな世界でしか使われていないような気がしますが、筆者は毎日扱うファイル形式です。sdfの説明は、もうchem-stationに丸投げしますね。 www.chem-station.com 私は化合物を作る方が専門なので…

前回は文字列を特定の区切り文字で分割し、新しいカラムとして（横方向に）分割する方法を紹介しました。 sumtat.hatenablog.com 今回は、予告通り縦方向にぶった切ります。目標はこんな感じです。