家族が増えました
お久しぶりです。
いろいろと忙しくしていて、更新ができませんでした。
はい、先日子供が生まれました!
わりと初期からバタバタしていていて、
切迫流産→切迫早産という流れで、出血もずっと止まらないし、なかなか不安な日々を過ごしていましたが、無事にゴールすることができました。
…最終的には逆子だったので、帝王切開になるというフルコースでしたが。
上の子は2歳になります。少し重たくなってきたなーとは思ってましたが、新生児と並べると、結構でかくなったと実感しました。
今年の妻は災難続きで、
- 年初に虫垂炎で入院
- つわりで苦しみ始めたあたりで、切迫流産のため入院
- 帝王切開のため入院
一年で3回も入院してしまいました。
出産に関しても里帰りとかではないので、上の子と私と二人で過ごさなければいけない日々が結構あったわけですが、子供は大泣きもせず、むしろ私が助けられたくらいです。サイズだけではなく、中身もしっかり成長しているようで驚きました。
下の子も、最終的には3450gとしっかりとしたサイズで生まれてくれました。それに加えて驚きなのは、だいたい生後3週間が経過した今日の体重が4400gもあり急激な成長をしています!
私も、子供のご飯をつくったり、保育園の色々や、その他諸々…、少しは上達した気がしますが、これからは二児の父。もっと上手くできるように頑張ります。
続きを読む10年の歳月
段々と寒くなってきました。体調はいかがでしょうか?
私は、熱を出してしまいました。まだ調子はイマイチですが、今日はお買い物をしてしまいました。
そうです。
iPhone Xを買っちゃいました!
店舗受け取りにしていたのですが、私の住んでいるところはクソ田舎なんで、発売日当日に朝から買いに来ていたのは私だけでした。
新しいデバイスは楽しいですね。
となりにおまけがくっついていますが、これは私が初めて買ったスマートフォン【iPhone 3G】です。日本で初めてのiPhoneだったのではないでしょうか?だいたい10年前の製品です。
大きさや厚さ、色々違いますが基本的な部分はほとんど一緒です。性能面では当時の私からは想像もできないくらいの進化を遂げています。
この10年で、私はこんなに進化していません。
次の10年、時代に置き去りにされないよう頑張らないとですね!
(もう既に置いていかれてるのかもしれませんが…)
ディスプレイのサイズも違いますね。10年前の端末で自分のブログを見るというのも感慨深い!
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【KNIME】ノード紹介:Copy/Move Files 〜一括でファイル名を変換しよう〜
みなさん、こんにちは。10月になりましたね!
今回の内容なんですが、一般的に使えそうな・TIPS的な感じのやつを考えた結果、ファイル名の一括変換に関して書いてみようと思います。
Webで調べると、ファイル名の最後に連番をつけるような方法がよく紹介されています。Google先生の一番上に出てきたのは
121ware.com > サービス&サポート > Q&A > Q&A番号 018542
上記リンクの内容でした。
KNIMEを使って同じこともできますが、それでは面白くないので、この記事では
ファイルの最終更新日と容量をファイル名に追加
をしてみようと思います。
<処理前>
<処理後>
(キャプチャの時間がずれているのは、ファイルを名前を変えて複製したからです)
さて、KNIMEのフローを見ていきましょう!
続きを読むInfocomさんがKNIME関連のページを更新したよ!
もうすぐ9月もおしまいですね。
上半期の終わりということで、何かと慌ただしい時期かと思いますが頑張っていきましょう!
さて、今回はKNIMEの使い方に関する内容ではありません。期待していた方、申し訳有りません(1人でもいて欲しい…)。
で、何を書きたいかというと
まず1つ目
コメントをいただきましたーーーー!
とてもとても嬉しいです。
chemoinfoのノードも充実しているのでKnimeいいですね!(iwatobipenさん)
そうなんです。私のようにコーディングもできず、ナスの底をガリガリするくらいしか能のない人間でも、KNIMEのおかげで、そこそこの量のデータ(化合物情報を含む)を扱うことができます。
最近knimeを使い始めました。記事楽しみにしています。(あさん)
泣ける。社交辞令でも楽しみにしてもらえるなんて!触りはじめるきっかけになっているのなら、もっと泣ける。ブログを書くのも今回が初めてですし、うまく内容をまとめられているか不安はありますが、今後も頑張りますね!
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KNIMEで化合物をクラスタリング&可視化してみよう
みなさん、こんにちは。
私は急な気温の変化と、ブタクサ?花粉で体調がイマイチです。
心はあまり元気でないので、せめて体は元気で過ごしたいものです。
さて、今回は何について書こうかなーと考えていたのですが、前回、ChEMBLからとってきた情報を使ってクラスタリングでもしてみようかなと思います。
上記のように、前回はNS5Bポリメラーゼ阻害剤関する1697化合物ついて、文献名と活性値を持つテーブルを作成しました。これを構造ベースでクラスタリングしていきます。結果をわかりやすくするために、記載されている化合物数が多い文献上位5件に関して作業をしていきます。
全体のフローとしてはこんな感じです↓
それではスタートです!
続きを読むKNIMEを使ってChEMBLから情報をとってくるンゴ
なんだか、最近巷ではなんJ民が溢れているそうですね!
おさぼりおじさんが、日中よく読んでいる*1というyahooニュースで取り上げられているくらいなので、間違い無いですね。驚きですね。
さて、毒吐きから始めてしまいましたが、今回はKNIMEを使ってChEMBLから情報を取ってくる例を紹介しようと思います。
最初にポイントを2点!
- ChEMBL db Connectorというお手軽簡単ノードがKNIMEにはあるよ⭐︎
- ChEMBLもREST APIに対応しているので、いろいろ工夫して情報が取れるよ!
という内容について紹介します。
例としてはNS5Bポリメラーゼ阻害剤について情報収集してみようと思います。
ソバルディのやつです。
TargetのIDとしてCHEMBL5375(uniprot : Q8JXU8)が割り当てられいます。*2 *3
今回は"CHEMBL5375(uniprot : Q8JXU8)"を出発時に入力情報とする、次のようなフローについて順に紹介します。過去記事とかぶる内容もあるので、該当箇所はリンク等を活用することにして、解説は軽めにします。
*1:息抜きレベルを超えて、がっつりと芸能ニュースを読んでいるのをみると、正直ムカつきますね
*2:ソホスブビル:CHEMBL1259059のターゲットとしては、CHEMBL379(Hepatitis C virus)、CHEMBL395(HepG2)、CHEMBL382(CCRF-CEM)、CHEMBL612545(Unchecked)の4種が紐付いています。キャプチャでは【Approved Drugsとしてのソホスブビル】のメカニズムとしてCHEMBL5375が紐付いているため、今回のCHEMBL5375を基準とする検索ではソホスブビルはhitしてきません。自分の知りたい内容がちゃんと含まれるか否か、よく確認する必要があるので、お手軽簡単ほほいのほい!で済ませすぎるのはあまりお勧めはできません。
*3:chemblの作りに興味のある方がいるかもなので、chembl_23の構成図を載せておきますね。化合物情報を仲介役としてターゲット情報と上市薬情報は繋がっていますが、ターゲット情報と上市薬情報は直接繋がってはいないことがわかると思います。