エクセルファイルに構造式を入れたい

　エクセルは便利ですし、市民権も獲得していて、データのちょっとした共有などによく使われます(少なくとも私の周りの環境では)。

　でも、エクセルで構造式入りのファイルをつくるとなると「純手作業」では結構めんどくさいですよ(ハイパーコピペモード突入)。またexcelのアドインを使ってsdfを読み込んで表示する方法もありますが、重くなるし、動作もやや不安定だったりします。(chem officeのアドインを使う場合が私の周りでは多いようです。他に簡単な方法はあるんですかね？)

　そんな時は、私は構造式をKNIME上でpng形式にしてtableに埋め込んで、エクセルファイルを書き出しています。

　画像ファイルですので、もちろん構造情報は視覚的なものとしての意味しか成しません。それでも意外と需要があります（…本当はsdfでそのまま渡したいのだけど）。KNIMEではファイルの書き出し前に、たった１つのノードを追加するだけで実現可能です。あまり研究の役に立つとは思いませんが、紹介していきます。

Renderer to Image

指定したカラムの内容を画像ファイルに変換するノードです。設定を見ていきます。

• Column : どのカラムを画像にするかを選択
• Image size : エクセルに構造式をのっけるなら、200×200くらいかな？と思います
• Append or Replace : 画像化した情報を新しいカラムとして追加するなら　Append、置き換えるならReplaceです

設定はこのくらいで十分かと思います。あとはエクセルファイルとして書き出せば完成です。 

　Pythonとか、すんすんすーんで書ければrdkitとpandasを使えばいい感じにできるのだと思いますが、あくまでGUIでということです。

　Python書けるようになりたいけど、なかなか勉強捗らないし、何より周りにわかる人が全然いない。環境構築からハマる場合も結構あって…。先日は32bit-windowsにrdkit入れたら、cmdからは動くけどjupyter notebookだとモジュールが見つからんとか言われて頓挫しました。もっと勉強しないとですね。

研究関係での使い道についての次回予告

　sdfを渡されるときに、中身に日本語が入ってる場合があるんですよね。前回紹介したsdf readerでは文字化けします。そもそも、日本語使わないでという話なのかもしれませんが、このような事例に対応可能なノードを近いうちに紹介します。